马拉加处于西班牙南部海岸的安达卢西亚地区，相邻的城市还有塞维利亚和卡迪兹。

1948年成立的马拉古埃诺竞技队（Atletico Malagueno）是现在球队的前身。起初，球队只是作为当时马拉加竞技队（Club Deportivo Malaga）的一个附属，1992年夏天，马拉加竞技队解体之后，马拉古埃诺竞技队注册自己的所有权，并且取代马拉加竞技成为马拉加球队的代表。

199281993赛季球队从丁级联赛开始拼搏，当年就成功晋级打入丙级联赛，但是1993/1994赛季球队又因为财政问题再次回到丁级联赛。知道1994/1995赛季Federico Beltran 和 Fernando Puche接收球队之后，才渐渐改变了球队的困境，经过短短四年的努力，1999/2000赛季马拉加终于打入西班牙顶级联赛，并且一鸣惊人，2000/2001赛季他们差点就打入联盟杯。

2001/2002赛季球队仍然表现的相当不错，球队有了进军欧洲赛场的一线希望，他们不负众望，拿下第二个赛季初开始的国际托托杯冠军，如愿以偿打入联盟杯，并且一路过关斩将进入八强，虽然最终被葡萄牙的博阿维斯塔淘汰，但是他们的表现还是得到了一致的肯定。

由于球队的财政问题一直没能彻底解决，他们也就不得不依靠变卖球星来维持球队的运作，尽管如此，他们依然培养出了相当多优秀的选手。并且时常成为西班牙豪门的恶梦。